Em conformidade à avaliação divulgada no dia 22 de setembro, pelo Governo do Estado de Santa Catarina, que classificou a região da Foz do Rio Itajaí na Matriz de Avaliação como Risco Potencial Grave, o município de Navegantes prorrogou (Decreto 2016/2020), pelo período de 14 dias, a partir de 25 de setembro de 2020, a continuidade das medidas de enfrentamento ao Coronavírus estabelecidas nos decretos municipais, mas com adequação à Portaria da Secretaria do Estado da Saúde nº 254, de 20 de abril de 2020, no que diz respeito ao funcionamento das atividades religiosas.
Conforme o Decreto, fica permitida a realização de missas e cultos presenciais com a manutenção das medidas sanitárias de prevenção ao contágio pelo novo Coronavírus, sendo a lotação máxima de 50% da capacidade, autorizada para as Regiões de Saúde com Avaliação de Risco Potencial Grave para COVID-19.